Vondsten uit de prehistorie tonen aan dat in Siddeburen al ongeveer 4500 jaar geleden mensen geweest zijn en ook gewoond hebben. In totaal werden in Siddeburen en in de directe omgeving 79 voorwerpen uit de Steentijd gevonden, waarvan 14 binnen een straal van ongeveer 800 meter direct aan de zuidkant van het dorp. Het toponiem Hondswarf of Hanebulten bij Wilderhof verwijst mogelijk naar een verdwenen hunebed.
Siddeburen wordt in de dertiende-eeuwse kloosterkronieken van de abten Emo en Menko van het klooster Bloemhof te Wittewierum vermeld als Sigerdachurke. Deze Oudfriese naam betekent ‘de kerk van Sigerd’. In de veertiende eeuw werd de plaats ook wel aangeduid met de naam Syerdeberth (1385), hetgeen de buurt van Sierd betekent. Parochielijsten vermelden het dorp als Siardeberch (ca. 1475), Sidtburen (1501) en Zydtburen (1559); we vinden het verder vermeld als Sirdeberth en Sijrdeburen.
In het centrum van het dorp staat de hervormde kerk van Siddeburen. Het oudste gedeelte van deze kerk dateert uit het begin van de dertiende eeuw en is te herkennen aan de grijze tufstenen. Later in de dertiende en misschien begin veertiende eeuw werd de kerk uitgebreid en werden er rode bakstenen gebruikt. De kerk is in een Romano-gotische stijl gebouwd. Die stijl wordt gekenmerkt door de vele gebruikte bogen. De toren zit aan de kerk vast. De toren is van de grond tot de haan 29 meter hoog. Vroeger is de toren een aantal meters hoger geweest. De kerk zelf bestaat uit drie delen: de Absis, het Schip en het Koor. De absis zit ongeveer tussen de kerk en de toren. Het schip is het gedeelte waar de mensen zitten en het koor is voor in de kerk, waar nu de kerkenraadsbanken zijn en de halve koepel helemaal voorin de kerk, waar vroeger voor de Reformatie het altaar stond. In de jaren 50 van de twintigste eeuw is de kerk van binnen en buiten gerestaureerd. Binnen in de kerk zit op de muren een witte kalklaag. Onder die laag zitten nog oude fresco’s. In een een van de koepels is daar nog iets van te zien. De pastorie is afgebroken nadat deze in verval was geraakt.
Aan de Oudeweg staat de in 1912 gebouwde gereformeerde kerk van Siddeburen, die vrijwel dezelfde opzet heeft als de (later gebouwde) vrijgemaakte kerk in Schildwolde. De kerk met toren is een in neo-romaanse stijl gebouwde kruiskerk. Tijdens de bevrijding van Siddeburen, april 1945, werd de kerk zwaar beschadigd. Restauratie volgde. Toen ook werden in de zijvleugels galerijen gebouwd. In de zestiger jaren werd de kerk opnieuw gerestaureerd.
De preekstoel is het centrale punt in de kerk met daarvoor de avondmaalstafel met antependium, doopvont en plantenbak. De kerk bezit twee gebrandschilderde raampartijen.
Een pronkstuk in de kerk is het orgel, het Reil-van Oeckelen orgel.
Naast de kerk staat een mooie pastorie (bouwjaar 1928) omgeven door een tuin.
De buurtschap Oostwold had aanvankelijk een eigen parochiekerk, die omstreeks de veertiende eeuw is verdwenen. In het begin van de negentiende eeuw zijn aan de Oudeweg de restanten van een grote Romano-gotische kerk gevonden. Het voormalige dorp bleef ook later een zelfstandig kerspel en had een eigen schooltje aan de Veendijk.
In het dorp Siddeburen hebben minstens twee borgen gestaan, namelijk het steenhuis van de familie Ewens (vermeld in 1558, Hoofdweg 91) en het latere Ufkenshuis, dat in 1705 werd gesloopt (Hoofdweg 99). De eerste was mogelijk het steenhuis van de hoofdeling Heylke Johans, dat in 1500 door de stad Groningen werd veroverd. Ook op een omgracht perceel aan de Hoofdweg 191 heeft misschien een steenhuis gestaan.
Ten zuiden van Siddeburen loopt de Siepsloot, die de grens vormt tussen Fivelingo en het Oldambt. Het bijzondere van deze middeleeuws politieke grens is dat deze tot op de dag van vandaag ook een taalgrens is. Ten zuiden van de Siepsloot wordt de Oldambtster variant van het Gronings gesproken, terwijl aan de noordkant een noordelijke variant van het Gronings wordt gesproken. Deze variant wordt eigenlijk op kleine verschillen na in het gehele Fivelingo gesproken.
Van 1929 tot 1942 had Siddeburen een eigen station aan het Woldjerspoor. Dit traject liep van de stad Groningen naar Delfzijl.
